故事主线
以十二时辰为线索，梳理盛唐长安的惊险故事
《长安十二时辰》故事线
李必张小敬联手
天宝三载，长安城内上元节西市开市人声鼎沸，一队狼卫趁机冒充商队混入西市，欲图不轨。靖安司司丞李必奉命追查狼卫，但秘密抓捕计划失败，狼卫首领曹破延逃脱。李必派檀棋前去大牢带犯人张小敬，委派张小敬继续追查，并向其讲明利害关系，答应事成之后恢复他的自由之身。张小敬对崔六郎的尸体进行解剖，从体内发现一张长安城的舆图，于是猜测狼卫今日有大的阴谋。张小敬刚想去捉拿曹破延，崔器向他透露了李必的真实目的，李必把众人支开，只留下张小敬，告知自己想做主宰万民命运的宰相，虽不能免张小敬死罪，但可让他再当一日不良帅。李必向何执正汇报张小敬抓狼卫之事，无意中得知圣上决定把皇权交给右相林九郎，于是派檀棋搜集林九郎的不法之事。张小敬对图格鲁紧追不舍，并放烟报信，此时曹破延来找狼卫麻格尔接头。
追查狼卫
吉温掌握太子新罪状，林九郎欲借此废黜太子。张小敬追图格鲁至穷途末路，图格鲁挟持小孩威胁百姓驱赶张小敬。李必因狼卫被打死、舆图丢失和里正被杀，遭何执正质问。兵奴革去张小敬官职并抓走他，同时发现焦遂尸体，李必推测是狼卫所为。狼卫真正目的是纵火，檀棋知后汇报李必。何执正替张小敬受罚，大司仪无奈。檀棋查影女被杀，李必缺少指控林九郎证据。龙武军和右骁卫闯靖安司逼交靖安令。何执正得圣上恩准辞官养老，给李必一个时辰。姚汝能查龙波，却不知其已藏身李家商铺，鱼肠从图格鲁身上搜得舆图交给龙波。徐宾查到龙波家有思恩客牌子，张小敬决定找青楼底细。封大伦派熊火帮秦钰对付张小敬。檀棋通过影女身上的香味查到与闻染有关，去寻找却得知她被王韫秀叫走，向李必汇报。李必立军令状，恳请太子准许按计划行事。张小敬求助葛老查案，葛老要求出卖暗桩，张小敬指认小乙，失去不良人支持。葛老指认恩客令主人是青楼女瞳儿，她被葛老关押。瞳儿要挟张小敬，要求和情郎离开才说龙波藏身之处，葛老不肯放人，张小敬焦灼。昌明坊，鱼肠在大车货物交卸后，将车夫全部斩杀。
张小敬被抓
张小敬通过瞳儿获取线索，同时被长安不良人孤立，众叛亲离。靖安司面临交权危机，李必在林九郎府中领罪，换得一日办案权。闻染向狼卫透露自己雇佣了右刹，并让张小敬逃离死牢，希望他不再追查。张小敬假意附和，独闯狼卫大宅，被麻格尔以王韫秀性命相胁。崔器带旅贲军救援，却因花车斗彩受阻。李必和徐宾发现张小敬与闻染父亲的关系，靖安司开始怀疑张小敬。 张小敬在狼卫手中受尽折磨，被迫绘制林九郎府邸地图。林九郎查出张小敬与熊火帮的恩怨，指使熊火帮趁乱袭击张小敬。熊火帮却挟持闻染闯入大宅，崔器仍在路上受阻。张小敬挑动狼卫与熊火帮内斗，崔器终于赶到，混战后狼卫大部被歼，张小敬受伤昏迷，闻染被曹破延和麻格尔带走。崔器为保旅贲军，谎报狼卫全灭。檀棋救醒张小敬后，用望楼报告狼卫仍有两人在逃。闻染为自保，带狼卫见行动真正策划者龙波。龙波在库房设伏火雷，留下曹破延等人做诱饵。檀棋按张小敬的建议，暗示永王让熊火帮释放人质，却反遭永王派封大伦缉捕张小敬。张小敬追踪至昌明坊，安排崔器传信，准备进一步行动。
张小敬拦截狼卫马车
鱼肠赶往假宅与张小敬交手，以闻染下落为诱饵，诱使张小敬放出烟丸误导旅贲军。王韫秀告知元载张小敬给狼卫绘制李相府地图，元载报知李相邀功。崔器带旅贲军追踪到空宅，军卒触发伏火雷引线引发爆炸。昌明坊爆炸消息传回靖安司，李必惊觉阙勒霍多是伏火雷，怀疑张小敬挟私报复。林九郎向圣人密奏太子四大罪名，太子希望李必迅速破案。张小敬追踪狼卫大车，崔器受姚汝能蛊惑叛逃并抓走张小敬。徐宾发现奸细陆三，却被其掐死。郭利仕传圣旨令靖安司结案，张小敬将被送回死牢。李必秘令檀棋私放张小敬查案，徐宾言明长安城中有三百桶伏火雷。李必赶往何执正府请求解救张小敬，叮嘱檀棋和姚汝能若自己失败需救出张小敬。李必跟踪徐宾来到造纸坊，打消怀疑。林九郎查到何执正傻儿子给徐宾钱，怀疑其牵涉其中。张小敬在靖安司望楼协助下除掉一名狼卫和一辆马车，制伏麻格尔后坠入湖中，湖岸爆炸，生死未卜。
曹破延死前吐露新线索
李必前往何执正宅，却陷入家仆惨死的诡异柴房，浑然不觉危险。檀棋为救张小敬，孤身潜入右骁卫，凭借机智骗术搅动敌营。张小敬则以火为谋，焚毁官衙，为三人创造逃亡生机，却在逃至大门前被崔器撞破，重兵瞬间合围。李必于尸堆中惊醒，竟遭典药官突袭，对方身为太子密使，吐露惊人隐秘。张小敬等人与右骁卫陷入血战泥潭，甘守诚率精兵铁壁合围，三人无力回天终被擒。檀棋为拖时间，以舞取悦甘守诚，舍身为队友争取生机。李必借装死死里逃生，急请郭利仕出面，终将三人救出。为护何执正周全，李必隐匿何孚刺杀真相，力促众人聚焦伏火雷追查。闻染为寻张小敬，施家传迷香之术脱身，踏上寻人之路。李必独自审问曹破延，揭露狼卫被利用真相，瓦解其忠诚。曹破延终吐右刹贵人线索，暗示十字莲花藏身地。张小敬与檀棋循线至景寺，却被执事伊斯识破，困于告解室。普遮得信欲遁，遭遇龙波刺客。张小敬闯入普遮房，目睹刺客逃逸，追击中伊斯援手，奈何刺客同党作乱脱身。檀棋献策，佯称普遮未死需医救，刺客伪装医官劫持普遮时暴露，遭张小敬生擒。鱼肠突至景寺灭口，张小敬与之激战，檀棋拼死护住刺客。刺客临死前吐露新线索，为破局再添转机。这场暗战中，各方势力交织，生死一线间，真相如暗夜微光，渐露曙光。
崔器为保同伴英勇战死
林九郎欲罗织罪名，郭利仕计划捉何孚解救众人。何孚逃至龙波处，催其行动，但龙波不听。李必和徐宾查案，发现鱼肠重要性，但鱼肠抵死不供。龙波救出鱼肠，靖安司遭袭，崔器护送李必等人逃走，孤军奋战。张小敬、檀棋、伊斯追查至刘记书肆，遇火师丁老三。龙波脱身，靖安司遭火焚毁。太子将案件交林九郎，吉温诬陷张小敬，全城追捕他。守捉郎误以为张小敬杀丁老三，也开始追杀他。李必被龙波扣押，心灰意冷时，何孚催龙波刺杀林九郎，龙波却翻脸。檀棋请不良人救张小敬，成功脱身。
姚汝能"不退"重新唤主角团信心
李必追问何孚幕后主使，何执正袒护。不良人保护张小敬，但被右骁卫击杀，张小敬心灰意冷欲离开长安。林九郎逼问何孚，何孚坚持等三司会审。李必被关私牢，欲查案却无人理会。姚汝能击鼓传信"不退"，通知张小敬。李必帮阿枝治病，获其兄长帮助脱身。张小敬与李必相遇，断定龙波刺杀林九郎是幌子。张小敬找葛老谈生意，杀马太郎，得信物见守捉郎。林九郎让何孚诬陷何执正，何孚不从。郭利仕追问李适之，得知何执正给其看圣上草拟的诏书。张小敬拿信物找代理火师，契约被毁，逼问守捉郎后知鱼肠所为。李必托郭利仕查毛顺，郭利仕劝李必莫追查，称幕后主使是他最信任的人。甘守诚与郭利仕冲突，棋带来翰林院学子见李必。张小敬躲进许鹤子马车。
檀棋深陷右相府
李必想在山上修道，姚汝能劝说无果后两人争吵，李必把姚汝能赶走。何执正发现儿子何孚被挖去双眼，面对李必的审问，何孚诬陷太子派他谋刺林九郎，林九郎将供词呈给皇上，李必陷入孤立。裴尚书逼李必签字画押，李必为救檀棋被迫答应，并在供状上签字。檀棋被留作人质，李必去求救郭利仕，并拜托太子救出檀棋。姚汝能在元载逼迫下承认太子指使救檀棋，被元载杀害，檀棋被活埋，后被李必救出。张小敬辗转来到纸坊，与徐宾见面，徐宾判断是林九郎预谋。李必逃到龙虎军管辖范围，去找郭利仕求救。张小敬假扮官员，劫持赵参军取证据，称碎竹片是破案关键。晁分观察碎竹片后，发现灯楼危机，元载围住晁分家，逼张小敬就擒。檀棋混入乐班，登上花萼相辉楼，遇到严羽幻，请求赦免张小敬。龙波带李必参观灯楼，李必决心阻止其计划。伊斯被元载折磨，张小敬出手营救。闻无忌和熊火帮谈判失败被杀，张小敬怒杀熊火帮34人。张小敬想破坏龙波计划，晁分指出密道，张小敬让元载去兴庆宫警告，但元载想亲自立功。
元宵盛宴背后的阴谋
礼部侍郎张某言宣布上元夜盛宴，张小敬触景生情，回忆烽燧堡往事。张小敬在迷糊中惊醒，阻止龙波（萧规）行动。李必目睹第八团旗帜，龙波宣称其不倒。闻染劝张小敬勿阻龙波，张小敬赌气绑她，后闻染被王韫秀挟持，最终自杀，张小敬悲愤与官军冲突。何执正谏言圣上，张小敬震惊于龙波真实身份，敌意涌现。龙波逼张小敬杀李必，张小敬情急掐晕李必。冯公公引许鹤子献技，严羽幻不安。程参破译算筹代码"上元夜杀太子"，太子被圣上为难，林九郎诬陷太子，何执正为太子出头刺杀林九郎未果，主动担责。李必告知太子龙波刺杀圣上，太子被迫派李必寻陈玄礼救驾。圣上理解何执正苦心，不再追究。龙波作为护旗手出现，圣上为第八团讨公道，灯房爆炸，大灯楼成火海。龙波带圣上逃离，林九郎等被救，郭利仕谎称圣安。太子搜寻圣上，李静忠劝其夺位，王鉷等劝林九郎理政。圣上躲猪圈，被误当偷猪贼追击。
圣人体察民生
户部的抄录员祝慈带妻子和儿子祝玄给平康坊贫民街百姓送救济物资，祝玄突然看到被六品官打伤躺在路边的圣上，他赶忙把父母叫来，祝慈把圣上搀上车，想送他回家，结果却被圣上怀疑图谋不轨。圣上跟着祝慈了解到民生困难后惊得瞠目结舌，他不相信在这大唐盛世还会有如此悲惨境遇的一群人。林九郎为了诬陷太子忤逆，找到郭守一当证人，当他得知阴谋得逞后，立刻下令让甘守诚诛杀太子。
龙波为救皇帝死亡
甘守诚一意孤行想下令刺杀太子，何执正和宁王孙带人前来救人，何执正狠狠教训了甘守诚，甘守诚急忙跪倒在地，发誓会全力辅佐太子，然后领兵撤走。李必回到靖安司，吉温下令赵参军杀了他，吉温不知该如何抉择只好先把李必关起来。李必一心只想查明真凶，何执正看出李必对太子赤胆忠心以后必有大用，不想他再卷入此案，只好用蒙汗药把他迷晕。程参提出按照李必的想法查案，无论查出谁是真凶都要严惩不贷，何执正让他全力去查。龙波向圣上详细讲述了他和闻无忌之间的趣事，以及闻无忌在战场上舍命救他的事。龙波大声高喊他是陇右道安西铁军第八团旗手萧规，承认自己胁迫皇帝在此，公开向所有来救人的官兵宣战。圣上大声宣布自己是大唐皇帝，不许任何人伤害季姜，可右骁卫却口口声声称要为太子尽忠，对圣上痛下杀手，龙波把圣上拽回酒肆，不料被射中后背。
最后的决战
程参判断龙波就是利用何孚报仇心切，他真正的计划是假借刺杀林九郎，然后精心部署炸毁太上玄元灯楼，以灯楼刺杀圣上。徐宾悄悄回家，打开灵堂地板下面的密道把圣上请出来，他说他用大案犊术算出了这一切，拼命向圣上毛遂自荐。何执正正对庞灵进行突审，认定他是林九郎的暗桩，永王自以为胜券在握，已经做好了继位的准备，封大伦提前预祝他继任大统，永王当场把他杀了灭口。
落幕
圣上断定徐宾的幕后主使是太子，徐宾自诩有做宰相的才能，他一个人精心谋划了刺杀圣上的所有计划。经过太医们抢救张小敬脱离了生命危险，圣上要重赏张小敬，可张小敬只想要回第八团的旗帜。何执正把李必唤醒，叮嘱他无论一生际遇如何，心中万不可蒙尘。李必顺利进入凤阁，离宰相只有一步之遥，可他却决定上山修道，张小敬回绝了圣上的赏赐浪迹天涯。
